Papa Benedetto XVI visita la moschea di Santa Sofia
30 novembre 2006 Nella terza giornata di viaggio il Pontefice ha fatto visita al Museo di Santa Sofia, che era stata chiesa cristiana, poi moschea, trasformata in Museo da Ataturk quale simbolo di laicità del proprio governo. Durante la visita, papa Benedetto XVI ha tenuto un contegno tale da evitare ogni simbolismo cristiano, mantenendo le mani intrecciate e mai congiunte.
Il Pontefice ha poi fatto visita alla Moschea Blu. Qui ha incontrato il Gran Muftì Cagrici e vi è stato uno scambio di doni che, per entrambi, avevano come soggetto delle colombe: una maiolica di Iznik da parte del Gran Muftì, un mosaico d'oro da parte di Benedetto XVI. Il Papa è entrato nella moschea a piedi scalzi, come vuole il rito islamico.
Il Papa e Gran Muftì hanno pregato insieme rivolti verso la Mecca, una "meditazione" che ha ottenuto un effetto diplomatico notevole.
Benedetto XVI ha incontrato nuovamente Bartolomeo I, patriarca di Costantinopoli, ed insieme hanno firmato una dichiarazione comune. Nella dichiarazione sono contenute alcune importanti indicazioni, come quella sulle uccisioni nel nome di Dio. «Innanzitutto vogliamo affermare che l'uccisione di innocenti nel nome di Dio è un'offesa a Lui e alla dignità umana. Tutti dobbiamo impegnarci per un rinnovato servizio all'uomo e per la difesa della vita umana, di ogni vita umana».
Si è considerato anche il futuro dell'Europa: «Abbiamo valutato positivamente il cammino verso la formazione dell'Unione Europea. Gli attori di questa grande iniziativa non mancheranno di prendere in considerazione tutti gli aspetti che riguardano la persona umana e i suoi inalienabili diritti, soprattutto la libertà religiosa, testimone e garante del rispetto di ogni altra libertà».
La dichiarazione intende anche rilanciare l'impegno delle due Chiese verso la piena unità. Benedetto XVI fa suo l'impegno del predecessore nel rivedere le forme di esercizio del "primato di Pietro" affinché possa essere accettato da tutte le chiese.
I due capi religiosi si sono scambiati dei doni simbolici: un libro dei Vangeli da parte di Bartolomeo I e un calice da parte del Papa. Quindi hanno benedetto insieme la folla dal balcone del patriarcato.
Il Papa ha anche incontrato il patriarca armeno Mesrope II, citando le circostanze tragiche subite in passato dal popolo armeno.