N.B.: le squadre evidenziate in grassetto passano alla fase a gironi. Le 16 squadre sconfitte accederanno alla prima fase della Coppa UEFA 2008-2009.
| 26-27 luglio 2008: risultati 3º turno ritorno
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| Olympiakos - Anorthosis Famagosta |
1 - 0
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| Basilea - Vitória Guimarães |
2 - 1
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| Dinamo Zagabria - Shakhtar Donetsk |
1 - 3
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| Atletico Madrid - Schalke 04 |
4 - 0
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| Kaunas - Aalborg BK |
0 - 2
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| Wisła Cracovia - Barcellona |
1 - 0
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| BATE - Levski Sofia |
1 - 1
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| Liverpool - Standard Liegi |
1 - 0
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| Fenerbahçe - Partizan Belgrado |
2 - 1
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| Arsenal - Twente |
4 - 0
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| Dinamo Kiev - Spartak Mosca |
4 - 1
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| Artmedia Bratislava - Juventus |
1 - 1
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| Olympique Marsiglia - Brann |
2 - 1
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| Slavia Praga - Fiorentina |
0 - 0
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| Steaua Bucarest - Galatasaray |
1 - 0
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| Panathinaikos - Sparta Praga |
1 - 0
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